"Zählt google es als Duplicate-Content, wenn alle Inhalte nochmal 1:1 auf Subdomains übertragen werden? "
mit Sicherheit!
neben bei noch, ch.projekt.de da diese Domain Endung mit .de endet, kann es sein, das die rankings auf Google.ch nicht besonders gut ausfallen (das selbe gilt auch logischerweise für at.projekt.de), würde mich freuen wenn andere auch noch was zur Domain Endung dazu Schreiben, damit er sich sicher ist.